南京醫藥以醫療機構供應鏈服務業務為主攻方向，該業務的核心是藥事服務業務，即：以為公眾和社會提供健康利益管理與服務為目標，以處方集為載體，為客戶醫院提供標準化、專業化、個性化與增值化的綜合藥事服務解決方案。
南藥特色的藥事服務
深化醫藥衛生體制改革、破除公立醫院“以藥補醫”機制是國家十二五期末的重點工作任務。我國醫藥行業隨著改革開放快速發展的同時，深層次的矛盾亦不斷顯現，影響了醫藥衛生事業的健康發展。國家的新醫改方案以“提高全民健康水平”為目標，著力解決群眾反映強烈的“看病難、看病貴”問題，保障患者合理、安全、經濟用藥。作為一家醫藥流通類上市公司，南京醫藥有著強烈的為社會提供安全、合理用藥環境的責任感和使命感。
積極投身醫改 探索惠民增效
自2002年起，南京醫藥就開始在江蘇、安徽等省市地區的醫院開展藥房托管試點工作。到2006年，藥事服務工作進入新階段，在政府的推動下，藥房托管試點取得重大突破，改革預期的“惠民、增效”等目標初步得到實現，同時對醫改也起到借鑒作用。藥房托管被業內著名專家稱為“為醫藥分開改革找到有效的啟動模式”，受到國家相關部門重視。南京醫藥實行的藥房托管醫院，成功取得50%以上的藥房托管權。
2008年，藥事服務穩健推進。公司在對各地詳細調研的基礎上開發出訂單集成系統、藥品目錄管理系統、綜合物流管理系統、財務一體化系統、協同商務系統、藥品質量追蹤溯源系統等。
2010年12月，南京醫藥藥事服務創新項目《醫藥流通企業基于利益協同的藥事服務管理》榮獲全國企業管理現代化創新成果一等獎。評審專家一致認為該項目意義重大，做法具體有效、效果顯著，實現了患者、醫院、醫藥公司、生產企業、政府多方的互利共贏。
2013年商務部遴選了47個代表性較強、效果較好的醫藥物流服務延伸項目，南京醫藥作為第一批醫藥物流服務延伸示范項目的引領者，已在江蘇、安徽、福建、云南等多地進行實踐，兩年來通過大型藥品流通企業信息化手段將物流服務延伸到醫院內的藥庫、藥房、臨床科室甚至病區，使醫療機構的藥品管理實現信息流、物流、票據流、資金流的整合。在提高醫院管理水平和效率的同時，也大大提升了藥品流通企業的價值，將目前醫藥物流規范化、自動化、信息化僅限于企業內部的現狀分享到更多醫療機構的供應鏈中。同時，面對處方藥品分流到社會的趨勢，南京醫藥將聚合零售、社區的資源，與醫療機構一道形成網絡化覆蓋，輔以信息化工具協助醫院建立患者健康資料收集管理系統，提升患者對醫院服務的依附度。
實施基于利益協同的藥事服務管理，取得的社會效益主要表現在：
（一）患者受益
實行藥事服務管理后，醫院在不增加任何投入的情況下，醫療水平得到明顯改善，醫院醫師用藥更趨于理性，患者也得到切身的實惠，同時增加了醫院的門診量。
?。ǘ┖献麽t院的收益
醫院通過和南京醫藥合作實施藥事服務，達到了降低庫存成本、提高醫院收入、提升醫療服務水平和提高醫院內部管理水平的目的。
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南京醫藥通過集成化供應鏈，對醫院需要的藥品實施訂單提前集成，庫存周轉天數大幅降低，提高了供應鏈流通效率，供應鏈增值收益由廠商、流通企業、醫院、患者等供應鏈利益相關者共同分享。
不斷創新和延伸藥事服務模式，主要取得成效：
1、運營方開展院內外藥品、采購、倉儲、配送、效益優化等工作。
2、醫院主導藥品結構、制定運營指標并監管檢查。
3、人、財、物優化配置，降低運營成本，提高服務質量。在人力成本降低、倉儲成本前提下，依托商業公司對于藥品管理較高的GSP標準，適度改造醫院存儲藥品的條件以及配置調劑部門自動發藥設備。
4、工作流程優化：分為降低成本的管控流程 & 精益化管理的流程。通過分析確定合理的直配品種、配送排程，取消二級庫藥品請領模式、運營中心推送管控各級藥庫庫存動態，以及條碼化、自動產生采購訂單、質量追溯體系等精益化管理手段進一步提高倉儲作業流程。
5、醫院藥劑人員從繁瑣的藥品采購、存儲工作中抽身，投入臨床藥學、合理用藥等工作，提升患者的藥學服務質量。
6、協助門診藥房社會化，設立自費藥房，作為門診藥房的快速轉型基礎。
各具特色的藥事服務模式：
江蘇地區
公司在江蘇省人民醫院供應鏈協同管理系統（SCM）和藥庫物流管理系統（WMS）建立并投付使用后，在合作雙方人員共同努力下，通過改進中心藥庫管理流程，建立藥品質量管理體系，規范了物流操作程序，使醫院藥庫實現了藥品采購全程管理的智能化、可視化和精細化的自動監控與管理。在鼓樓醫院，供應鏈運管中心的工作人員運用搭建的供應鏈信息平臺和看板式管理相結合，實施了院內藥品的精益化管理。以省人民醫院、鼓樓醫院為代表的藥事服務創新模式在醫藥領域內產生了較大影響，社會、經濟效益逐步凸顯。
蘇南——南京地區的南京醫藥藥事服務有限公司，已覆蓋南京前十位的三級醫院，目前與藥事公司開展藥事服務項目（含藥房托管）合作的醫療單位50余家，其中重點三級省屬醫院7家、部隊醫院1家、市屬4家，基層基藥兩個區。全年累計銷售22億元，已占據公司總銷售35%的權重。
蘇北——宿遷市第一人民醫院、通醫附院鹽城三院等都取得可喜成果。
安徽地區
合肥天星公司深入探索實踐“醫藥分開”、積極行動打造藥品供應保障體系，先后和安徽醫科大學第二附屬醫院、安徽省立醫院南區、合肥市第一人民醫院等大型醫療機構開展藥品集中配送合作。在合作的過程中，醫院庫存降低30%以上、醫院藥品損耗降低50%以上、醫院訂單響應速度與訂單準確率提升均在50%以上、藥房處方處理時間縮短30%以上，大大提高了藥品流通效率。此外，合肥天星與定遠縣全縣三級醫療衛生服務機構開展的藥事服務合作，贏得了社會的廣泛關注及政府的高度認可。國家發改委副主任、國務院醫改辦主任孫志剛等有關領導先后到定遠視察基層醫改工作，給予這種集成化供應鏈服務模式以高度肯定。目前，安徽全省范圍內與合肥天星開展藥事服務合作的醫療機構及藥房數量已達55家。合肥天星提交的《醫療衛生體制改革與藥事服務創新研究課題研究綱要》獲安徽省領導圈定課題立項并順利完成。與安徽醫科大學第一、第二附屬醫院，安徽省立醫院等省內三級甲等醫院開展“合辦藥方”9家。為本省“構建藥品集成化供應鏈體系、解決醫藥分開”等公共衛生事業建設貢獻了實踐成果。
福建地區
在福建省福州，公司將藥事服務項目作為今年業務增長點，應對醫藥市場新常態，進一步實施同春公司醫藥物流的延伸。在繼續開展并擴大福州市屬社區衛生服務中心煎藥服務規模的同時以回春國醫館、回春閣為依托，與福建心養道醫藥投資公司合作，開拓社區衛生服務中心市場。并積極探索院企合作模式，先后與福州鼓樓區洪山鎮社區衛生服務中心和福建省福能健康管理有限公司合作共建門診藥房，通過醫藥物流的延伸、醫療機構藥事服務共建、醫藥健康管理綜合體建設，使藥事服務深入開展。
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